As 33 Diretorias Regionais de Educação deixarão de existir no próximo governo. O estado passará a administrar a Educação a partir de 20 núcleos. "A melhoria na Educação não será apenas na estrutura, mas na qualidade do serviço. Quero acompanhar de perto e inclusive participar de reuniões com os pais e professores", disse Rui.
Na nova estrutura da Secretaria de Educação (SEC), o Instituto de Radiodifusão Educativa da Bahia (Irdeb) será administrado pela SEC. De acordo com o governador eleito, o órgão passa a ser educativo, pois não há condições de disputar com outros veículos de comunicação. O Irdeb era administrador pela Secretaria de Comunicação.
Continuam na estrutura da SEC, o Instituto Anísio Teixeira e as universidades estaduais.